Covid-19 en France : les indicateurs de gravité de l’épidémie à la fin de 2020

Les pouvoirs publics français ont retenu principalement deux indicateurs leur permettant d’évaluer à la fin de 2020 l’évolution de l’épidémie de COVID-19, afin de décider si le « confinement » décidé à la fin du mois d’octobre 2020 pourrait être levé ou allégé : les deux indicateurs étant d’une part le nombre de lits d’hôpital occupés par les personnes souffrant de cette maladie, d’autre part le « taux d’incidence » de ce coronavirus dans la population, défini comme le taux de nouveaux cas journaliers testés positifs par rapport à l’ensemble de la population.

En ce qui concerne le nombre de lits d’hôpital, le président de la République lui-même avait annoncé que la levée du « confinement » de l’automne serait possible si, à la mi-décembre 2020, ce nombre devenait inférieur à 3000. Effectivement, ce seuil a été franchi à peu près à la date prévue.

En revanche, en ce qui concerne le taux d’incidence, alors que le président de la République avait évoqué un taux d’incidence ne devant pas dépasser 5000 nouveaux cas testés positifs par jour (sans justifier le pourquoi de ce chiffre donné sans explication), il a été constaté à la mi-décembre que le niveau atteint a été plus de deux fois supérieur. En conséquence, le confinement a été seulement allégé, et non supprimé. En particulier, la fermeture des lieux tels que les musées, théâtres, cinémas, restaurants a été maintenue.

Le présent article s’appuie sur :
– un article de Léa Sanchez intitulé « Les calculs d’indicateurs-clés de l’épidémie de COVID-19 », publié par le journal Le Monde du 27 novembre 2020 ;
– un article de Nicolas Berrod intitulé « COVID-19 : pourquoi les indicateurs ont-ils été chamboulés en 24 h ? « , publié par Le Parisien du 9 décembre 2020, modifié le 10 décembre.
Il a notamment pour objet de concentrer la réflexion sur la pertinence de l’indicateur appelé taux d’incidence, compte tenu des conséquences importantes déclenchées par la non-atteinte du chiffre de 5000 : quelle réalité, quelle vérité reflète cet indicateur ? Celui-ci n’est-il pas trompeur, voire mensonger ?

RAPPEL DE QUELQUES NOTIONS DE BASE

Le taux d’incidence se fonde sur les résultats des tests (positifs ou négatifs) qui permettent de savoir si une personne a été contaminée par le coronavirus déclenchant la maladie COVID-19. Une formule mathématique associe le taux d’incidence à deux autres indicateurs qui sont le taux de positivité et le taux de dépistage (taux d’incidence = taux de positivité x taux de dépistage) :

Depuis le 08/12/20, en plus des résultats des tests virologiques dits PCR, ceux des tests antigéniques (TAg) entrent dans la production des indicateurs épidémiologiques nationaux et territoriaux.Le résultat des TAg est obtenu en quinze à trente minutes, et non plus en un jour ou deux comme pour les PCR. Les tests pratiqués pour déceler le coronavirus sont donc désormais de deux sortes.
Depuis le mois de mai 2020, la totalité des résultats des tests PCR est intégrée dans la une base nominative « SI-DEP » (Service intégré de dépistage et de prévention).
En revanche, les soignants qui pratiquent les tests antigéniques TAg, hors laboratoires, n’ont pu renseigner (alimenter) ce fichier qu’à partir du 16 novembre. Santé Publique France a d’abord observé les données remplies sans les utiliser, le temps de s’assurer de leur qualité (telle a été l’explication fournie pour justifier les délais de prise en compte). Les TAg ont été autorisés et remboursés depuis le 17 octobre avec un déploiement progressif depuis cette date. Ils sont aujourd’hui pratiqués en laboratoire de biologie médicale (LBM) ainsi que par d’autres professionnels de santé (médecins, pharmaciens, infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes, sages-femmes, chirurgiens-dentistes). Les résultats des tests antigéniques réalisés hors des LBM sont saisis dans le système SI-DEP depuis le 16 novembre. Après les analyses préalables permettant de vérifier la qualité des données, tous les résultats de tests entrent dorénavant dans la production des indicateurs SI-DEP (taux d’incidence, taux de positivité et taux de dépistage).
Il est à noter que, comme on va le voir, l’inclusion des TAg conduit mécaniquement à augmenter les taux d’incidence.

Ces indicateurs relatifs à la circulation du virus, bien que très scrutés par les autorités sanitaires et politiques, sont fragiles. Il est impossible, par exemple, de calculer le taux de positivité sur l’ensemble des tests, puisqu’on connaît le nombre de cas positifs par des tests antigéniques, mais non  le nombre total de tests antigéniques pratiqués. Il faut aussi prendre ses précautions en analysant les taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants) par département ou par région, exclusivement calculés sur la base des résultats des tests RT-PCR et donc sans doute sous-estimés.

EFFET SUR LE TAUX D’INCIDENCE

« Santé publique France » (SPF) a fait le calcul : sur la période du 16 au 22 novembre, en comptabilisant les tests antigéniques, le taux d’incidence de Covid-19 en France est 12 %, supérieur à un décompte réalisé uniquement à partir des tests PCR. L’écart est encore plus important dans certaines régions, comme l’Ile-de-France (+ 26 % avec les tests antigéniques) ou l’Auvergne-Rhône-Alpes (+ 13 %). SPF précise toutefois que cela ne modifie pas « la tendance qui reste à la diminution » de la circulation du virus.

Quant au taux de positivité en France, il a presque diminué de moitié, du fait du changement de méthode et de la prise en compte des tests antigéniques.

Avant que ces tests antigéniques soient pris en compte dans le calcul des différents indicateurs, cela biaisait notamment le taux d’incidence, c’est-à-dire le nombre de personnes positivé pour 100 000 habitants sur une semaine. Sans les cas recensés par test antigénique, cet indicateur était minimisé d’au moins 10 %, avait averti « Santé publique France » à plusieurs reprises ces dernières semaines.

C’est dans la première semaine de décembre qu’ont été pris en compte pour la première fois les tests antigéniques. Au total, 10 215 nouveaux cas ont été recensés en moyenne chaque jour du 29 novembre au 5 décembre, au lieu de 8000 cas en moyenne par jour du 28 novembre au 4 décembre avec uniquement les tests PCR. Le taux d’incidence est passé à 106,9, alors que 24 heures plus tôt il était à 86,2, ce qui représente une hausse de 24 %.

Covid-19 : pourquoi les indicateurs ont été chamboulés en 24 heures

Logiquement, l’écart a été particulièrement élevé dans les zones où de nombreux tests antigéniques ont été réalisés ces dernières semaines, notamment les grandes villes. À Paris, par exemple, le taux d’incidence est désormais de 87,2, soit près du double du nombre affiché lundi soir 5 décembre (49,2).

EFFET SUR LES TAUX DE POSITIVITE ET DE DEPISTAGE

Auparavant, dans le calcul des indicateurs, étaient prises en compte uniquement les personnes testées positives pour la première fois depuis le 13 mai et celles testées négatives pour la première fois depuis le 13 mai. Ainsi, étaient exclues les personnes multi-testées négatives avec comme conséquence une sous-estimation croissante au cours du temps du nombre de personnes testées. Cela conduisait à une surestimation du taux de positivité et une sous-estimation du taux de dépistage.
A partir du 8 décembre 2020 sont prises en compte d’une part les personnes re-testées positives pour la première fois depuis plus de 60 jours, et d’autre part tous les personnes testées selon la nouvelle définition.

La modification du mode de calcul impacte particulièrement le taux de positivité, calculé en rapportant le nombre de personnes positives à celui des personnes testées sur la même période (on se base le plus souvent sur une semaine). Mais attention : avant cette modification, lorsqu’une personne était testée à plusieurs reprises avec le même résultat (le plus souvent, toujours négative), elle n’apparaissait dans le système qu’à la première date.

Prenons l’exemple de Marie, testée négative en août puis de nouveau la semaine dernière. Jusqu’à mardi, elle était prise en compte dans le calcul du taux de positivité en août, mais pas en décembre. « Ainsi, étaient exclues les personnes multi-testées négatives avec comme conséquence une sous-estimation croissante au cours du temps du nombre de personnes testées », comme l’indique « Santé Publique France« . D’autant qu’il « est fréquent qu’une même personne effectue plusieurs tests, notamment lorsque les précédents étaient négatifs », ajoute l’agence sanitaire.
Désormais est compté dans le nombre de personnes testées sur une semaine tout individu qui a subi un prélèvement durant cette période. Le test de Marie apparaît donc en août et en décembre. Ainsi, pour calculer le taux de positivité, le numérateur reste le même (le nombre de personnes positives) mais le dénominateur (le nombre de personnes testées) est plus élevé. Par conséquent, cet indicateur baisse. Il n’a été que de 6,4 % mardi soir 5 décembre 2020, alors qu’il était affiché à 10,7 % la veille. Finalement, la tendance reste la même, mais non le niveau atteint à un moment donné.

Covid-19 : pourquoi les indicateurs ont été chamboulés en 24 heures
CONCLUSION

« Santé Publique France » fait valoir que la nouvelle méthode avec les nouveaux chiffres incluant les résultats des tests antigéniques (Tag) augmentant le nombre des cas positifs sont plus fidèles à la réalité de la situation épidémique.
Cette affirmation  n’est pas fausse, mais elle n’est pas totalement vraie non plus, pour deux raisons :
– d’une part, les médecins insistent sur le fait que les tests antigéniques, ayant l’avantage d’être nettement plus rapides que les tests PCR, font toutefois apparaître un pourcentage relativement élevé de faux résultats ;
– d’autre part, l’inclusion des tests antigéniques dans un ensemble englobant les résultats positifs des tests PCR + antigéniques fait apparaître une augmentation des cas de COVID qui n’est pas due à l’aggravation de la maladie, mais à une amélioration des moyens de dépistage, lesquels ne se réduisent plus au seul dépistage PCR mais y ajoutent le dépistage Tag.

Le problème qui se pose à la fin de l’année 2020 est celui de la peur diffuse : les politiques, conduits par la crainte de faire apparaître des chiffres de contagion relativement bas donc trop rassurants pour une population jugée trop prompte à l’euphorie des bonnes nouvelles, préfèrent faire comme si la hausse des cas due à la prise en compte des tests antigéniques reflétait une augmentation réelle de la maladie et non un changement de méthode. En cela, ils sont soutenus par les médecins, très inquiets d’être submergés par une vague de malades qui, après avoir été excessivement rassurés, se laisseraient aller à négliger les « gestes barrières » qui font obstacle à la contagion (respect des distances physiques, lavage des mains, port du masque, aération des locaux) et « emboliseraient » ainsi par manque de vigilance les services hospitaliers.

Dominique Thiébaut Lemaire

Billet : « La Marseillaise », chant de résistance

Le citoyen français connaît surtout la strophe
Qu’a écrite un soldat plutôt qu’un philosophe
Au début de ce chant comportant au complet
Plusieurs groupes de vers strophes nommées couplets
Sans compter le refrain dont la scansion de marche
Est celle d’une armée qui passe sous une arche
Sous un arc de triomphe ouvert aux victorieux
Par sa voûte il encadre une partie des cieux

La musique rythmant notre hymne national
Ne peut faire oublier au chanteur machinal
Les paroles sans fard l’amour de la patrie
Et le prix des valeurs dont nous sommes pétris
La haine qui parfois saisit des adversaires
Changés en ennemis que notre vie ulcère
Le goût du sang versé devenant un poison
Chez ceux que fait agir l’oubli de la raison
Ils viennent – dit ce chant – jusque dans nos campagnes
Égorger dans nos bras nos fils et nos compagnes

Naguère on estimait ces termes trop violents
Pour un hymne officiel ils semblaient trop sanglants
Mieux valait pensait-on rechercher la concorde
Éviter de risquer que l’aversion déborde
Mais l’actualité pousse à changer d’avis
Aujourd’hui des vengeurs agressifs pleins d’envie
Sortis de bleds lointains devenus fanatiques
Venus sur notre sol sous couleur pacifique
Prolongent leur destin de délinquants malsains
Se donnant la mission qui va les rendre saints
Celle d’éliminer en leur tranchant la gorge
Tous les blasphémateurs dont ce pays regorge
Du satiriste au prof nous sommes à leurs yeux
Des injurieux impies des offenseurs de Dieu

 

Le 16 octobre 2019, la France a appris avec stupeur l’égorgement-décapitation d’un enseignant par un jeune réfugié musulman originaire du Caucase. Samuel Paty, professeur d’histoire-géographie à Conflans-Sainte-Honorine dans la région parisienne, a subi cette mort horrible pour avoir montré à ses élèves des caricatures de Mahomet lors d’un cours sur la liberté d’expression. L’assassin a revendiqué son crime dans un message audio en russe où il expliquait avoir « vengé le prophète », en accusant le professeur de l’avoir «montré de manière insultante». Menaçant, il a été abattu peu après par la police. Plusieurs adolescents ont été placés en garde à vue pour avoir désigné le professeur à l’assassin contre rémunération. D’après Le Figaro du 7 décembre 2020 (avec l’AFP), l’assassin Abdoullakh Anzorov a été enterré dimanche 6 décembre à Chalaji, village situé à une quarantaine de kilomètres de la capitale tchétchène Grozny. L’accès au village a été bloqué par les autorités le temps de l’enterrement. La messagerie Telegram a publié des vidéos montrant une petite foule chantant en tchétchène et accompagnant le cercueil sous la neige. Selon Baza, une chaîne Telegram très suivie ayant diffusé l’une de ces vidéos, environ 200 personnes – des parents et amis de la famille Anzorov – ont pris part aux obsèques et des policiers ont été déployés dans le village. Les médias officiels tchétchènes, pro-russes, n’ont parlé ni du rapatriement du corps, ni de l’enterrement. Rappelons qu’il existe un lourd contentieux entre la Tchétchénie musulmane et la Russie orthodoxe qui l’a annexée au XIXe siècle. Le dirigeant tchétchène, Ramzan Kadyrov, a condamné l’assassinat en France, mais aussi vivement critiqué le président français, car, a-t-il dit,  celui-ci poussait les musulmans « vers le terrorisme » en laissant republier des caricatures de Mahomet. Déjà en 2015, lors de leur publication dans Charlie Hebdo, plusieurs centaines de milliers de manifestants avaient protesté à Grozny.

Dominique Thiébaut Lemaire